Сделайте indd-файлы из idml для этой Книги. 

В файле TwoIndexes.indd два индексных указателя.
Первый - слова в тексте.
Второй - ссылки на сноски и текст в таблицах.

И в PDF-файле будут закладки для каждого индексного указателя.

